Có 1 số trường hợp chống chỉ định bú mẹ. Dưới đây là những chống chỉ định bao gồm cả các sửa đổi của viện Hàn lâm Nhi Khoa Hoa Kì vào năm 2012 về vấn đề nuôi con bằng sữa mẹ và sử dụng sữa mẹ (được tóm tắt trong bảng).
Những nhiễm trùng của người mẹ.
HIV
Những phụ nữ sống ở các nước giàu nên được tư vấn không cho con bú nếu họ bị nhiễm HIV. Tổ chức y tế thế giới (WHO) khuyến cáo những phụ nữ nhiễm HIV tránh cho con bú nếu những thức ăn thay thế có giá cả phải chăng, khả thi, chấp nhận được, bền vững và an toàn nếu thức ăn thay thế không có sẵn thì mới bú mẹ
Đối với các nước nghèo và đang phát triển khi nguồn thức ăn thay thế không sẵn có thì việc cho con bú mẹ cần cân nhắc giữa nguy cơ nhiễm HIV và các bệnh tật như suy dinh dưỡng, nhiễm trùng khác tại địa phương, bà mẹ và/ hoặc đứa bé cần được cung cấp thuốc kháng HIV để giảm sự lây truyền. (xem thêm bài phòng ngừa lây truyền HIV thông qua bú mẹ ở các nước đang phát triển.[2])
HTLV type 1 hoặc 2
Những phụ nữ dương tính với HTLV type 1 hoặc 2 (HTLV là viết tắt của từ Human T -cell Lymphotropic Virus – tạm dịch là virus gây u lympho T ở người) hoặc bị bệnh Brucellosis không điều trị thì không nên cho con bú hoặc cung cấp sữa cho con.
Tổn thương vú
Những phụ nữ đang có tổn thương vú tiến triển không nên cho con bú bên vú bị ảnh hưởng cho đến khi tổn thương được giải quyết, bởi vì sự tiếp xúc trực tiếp với tổn thương có thể truyền virus herpes simplex cho em bé.
Các bà mẹ nên vệ sinh tay sạch sẽ và che chắn vùng vú bị tổn thương để tránh tiếp xúc với em bé. Các bà mẹ có thể hút sữa ra và cho trẻ dùng sữa này.
Thủy đậu
Những phụ nữ bệnh thủy đậu trong vòng 5 ngày trước sinh cho tới 2 ngày sau sinh thì nên cách ly khỏi em bé. sữa hút ra vẫn có thể cho bé uống
Lao
Các bà mẹ bị bệnh lao tiến triển không nên cho con bú trừ phi không còn khả năng lây lao nữa (thường là sau 2 tuần sử dụng thuốc kháng lao) tuy nhiên sữa hút ra vẫn có thể cho trẻ uống.
H1N1
Những bà mẹ bị cúm H1N1 nên cách ly khỏi đứa bé cho đến khi hết sốt. Mẹ có thể vắt sữa và sữa đó con có thể uống được.
CMV
Nguy cơ lây truyền virus CMV thông qua việc cho con bú là không phổ biến trừ những sơ sinh rất nhẹ cân, những trẻ này có nguy cơ nhiễm CMV không triệu chứng. ở những trẻ này, giữ sữa ở nhiệt độ 62.5 độ trong 30 phút hoặc 72 độ C trong 5 phút có thể làm bất hoạt CMV.
Bà mẹ lạm dụng chất
Những bà mẹ lệ thuộc opioid nhưng đang dùng methadone theo chương trình và âm tính với các xét nghiệm sàng lọc HIV và các thuốc bất hợp pháp khác thì có thể cho con bú.
Tuy nhiên, việc cho bú bị chống chỉ định trong trường hợp người mẹ đang dùng các thuốc như là phencyclidine, cocaine, cannabis vìcó thể ảnh hưởng lâu dài tới sự phát triển của đứa trẻ.
Rượu có thể làm chậm phản ứng prolactin đối với việc bú sữa mẹ và có thể ảnh hưởng đến sự phát triển sự vận động của trẻ sơ sinh
Mặc dù bà mẹ hút thuốc lá không phải chống chỉ định tuyệt đối cho con bú nhưng nên cảnh cáo mạnh mẽ vì làm gia tăng nguy cơ đột tử và dị ứng đường hô hấp của trẻ
Các bà mẹ phải dùng thuốc
Nên tham khảo ý kiến bác sĩ hoặc tham khảo từ nguồn dữ liệu [3] để tránh cho con bú với một số loại thuốc. Trẻ bị bệnh Galactosemia: là một bệnh chuyển hóa bẩm sinh, đây là 1 chống chỉ định tuyệt đối việc bú sữa mẹ.
Các rối loạn chuyển hóa
Các rối loạn chuyển hóa khác như phenylketon niệu có thể bú mẹ một phần nhưng cần theo dõi sát và xét nghiệm máu để duy trì ngưỡng an toàn.
Bà mẹ đang phải hoá hay xạ trị